Для версий Ubuntu раньше 11.10

Откройте меню Система > Параметры > Запускаемые приложения

Для Ubuntu 11.10

Кликаем по правой верхней шестеренке и выбираем <Автозапуск программ>

В открывшемся окне нажмите "Добавить"

Введите название программы, команду для ее запуска со всеми ключами и комментарий. Для активизации автозапуска, установите галочку напротив нужной программы.

Чтобы узнать как правильно в Ubuntu выглядит команда, в Ubuntu ранних версий, где был еще Gnome 2.2, все было просто: откройте меню Система > Параметры > Главное меню

А теперь нужно в терминале набрать

alacarte

Найдите здесь программу, которую хотите добавить, и выделите ее указателем мыши, затем нажмите кнопку "Свойства".

Последовательно перекопируйте все поля открывшегося окна в поля ранее открытого окна "Добавить программу в автозапуск"