Для версий Ubuntu раньше 11.10
Откройте меню Система > Параметры > Запускаемые приложения
Для Ubuntu 11.10
Кликаем по правой верхней шестеренке и выбираем <Автозапуск программ>
В открывшемся окне нажмите "Добавить"
Введите название программы, команду для ее запуска со всеми ключами и комментарий. Для активизации автозапуска, установите галочку напротив нужной программы.
Чтобы узнать как правильно в Ubuntu выглядит команда, в Ubuntu ранних версий, где был еще Gnome 2.2, все было просто: откройте меню Система > Параметры > Главное меню
А теперь нужно в терминале набрать
alacarte
Найдите здесь программу, которую хотите добавить, и выделите ее указателем мыши, затем нажмите кнопку "Свойства".
Последовательно перекопируйте все поля открывшегося окна в поля ранее открытого окна "Добавить программу в автозапуск"